Luonnonperintösäätiö on saanut tunnustusta toiminnastaan niin kotimaassa kuin kansainvälisestikin.
- 2012 Pohjoismaiden neuvoston luonto- ja ympäristöpalkinnon ehdokkaana loppukilpailussa yhdessä ruotsalaisen Naturarvet-säätiön kanssa
- 2010 Kansainvälisen luonnonsuojeluliiton (IUCN) Suomen komitean Paras luontoteko -palkinto (2009-10)
- 2019 Partioaitan Ympäristöbonus (55 313 euron rahalahjoitus)