Luonnonperintösäätiön toiminta-ajatus on Suomen luonnonsuojelun edistäminen ja luonnonalueiden säilyttäminen. Säätiö hankkii hallintaansa – ostamalla, vaihtamalla tai lahjoitusten kautta – sopivia alueita, ensisijaisesti metsiä, ja hakee niille pysyvän, lakisääteisen rauhoituksen.
Säätiön toiminta perustuu tällä hetkellä yksinomaan lahjoituksiin, joita saadaan sekä yksityisiltä että yrityksiltä. Puustoiset metsät ovat Suomessa kalliita, ja siksi varainhankinta on tärkeä osa säätiön toimintaa ja sen edellytys. Kaikki säätiölle lahjoitettu raha menee metsiensuojelutyöhön. Säätiön innostavin viesti kansalaisille on tarjota kanava, jonka kautta tavallinen metsää omistamatonkin luonnonystävä voi välittömästi ja konkreettisesti osallistua suojelualueen syntyyn lahjoituksellaan.
Säätiö etsii jatkuvasti arvokkaita, mahdollisimman koskemattomia metsiä eri puolilta Suomea. Eteläisen Suomen huonosta suojelutilanteesta johtuen toiminta keskittyy pohjoisimman Lapin eteläpuolelle. Etsintää toteuttaa säätiön metsätyöryhmä yhdessä toiminnanjohtajan kanssa, ja siihen osallistuu ryhmän ulkopuolelta lukuisa joukko vapaaehtoisia avustajia. Säätiön kauppoja, tiedotusta ja edustusta on hoitamassa kokopäiväinen toiminnanjohtaja. Säätiön toimistolla Hämeenlinnassa työskentelee myös osapäiväinen työntekijä.
Luonnonperintösäätiön työ tukee ja täydentää valtion suojelutoimintaa; säätiö tekee yhteistyötä ympäristökeskusten kanssa mm. tiedonvälityksessä. Säätiön toiminta omalta osaltaan kannustaa myös valtion toimesta tapahtuvan suojelualueverkoston rakentamista.
-
Säätiön apuna erityisesti metsien etsinnässä ja tiedotuksessa on toiminut Ikimetsän ystävät r.y., joka perustettiin vuonna 2005. Yhdistyksellä on ollut tärkeä tehtävä säätiön tunnetuksitekemisessä ja toiminnan käynnistämisessä. Yhdistyksen rooli säätiön lähipiirissä on muuttunut viime aikoina, kun säätiö on monipuolistanut toimintatapojaan ja yhä useammat luonnonystävät kääntyvät suoraan säätiön puoleen. Ikimetsän ystävät r.y. jatkaa valistustyötään metsiensuojelusta yleensä ja Luonnonperintösäätiöstä erityisesti. Yhdistys painottuu vapaaehtoisapuun ja järjestämään toimintaa esimerkiksi talkoiden ja retkien muodossa säätiön suojelualueilla.
Säätiö toimii yhteistyössä myös muiden järjestöjen kanssa - vuonna 2008 aloitettiin yhteiset kampanjat Kymenlaakson lintutieteellisen yhdistyksen ja Satakunnan luonnonsuojelupiirin kanssa.